事例10. PubMed による検索

• 目次
  • 1. Webマニュアルの確認
  • 2. PubMed の特徴
  • 3. PubMed の検索例
  • 4. フルテキストの入手
  • 5. 引用データの入手

1. Webマニュアルの確認

「PubMed User Guide」や動画ガイド (英語) により、検索の注意点や、詳細表示の使用方法を確認する。

PubMed のリンクは下記から。

• https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/

「PubMed User Guide」(英語) のリンク。

• https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/help/

「Tips for Using PubMed」(Dec. 23, 2022) (英語) のダウンロード用リンク。

• https://www.nnlm.gov/BpXbp

動画「PubMed: Find articles on a topic」(英語) のリンク。

• https://www.nlm.nih.gov/oet/ed/pubmed/quicktours/topic/

動画「PubMed: Find articles by author」(英語) のリンク。

• https://www.nlm.nih.gov/oet/ed/pubmed/quicktours/author/

動画「PubMed: Using the Advanced Search Builder」(英語) のリンク。

• https://www.nlm.nih.gov/oet/ed/pubmed/quicktours/advanced/index.html

2. PubMed の特徴

(1) 収録対象

• 生物医学分野と保健衛生分野の学術文献。 (biomedicine and health fields)
• 実際には、その他の分野も広く含む自然科学分野全般の文献が収録されている。

(2) AND 検索

• 項目内＝可能。スペース、または「AND」、または「&」で区切る。
• 項目間＝可能。

(3) OR 検索

• 項目内＝可能。「OR」、または「|」で区切る。
• 項目間＝可能。

(4) NOT 検索

• 項目内＝可能。「NOT」で区切る。
• 項目間＝可能。

(5) 部分一致検索

• 前方一致＝可能。アステリスク「*」を入力。アステリスクの前には少なくとも4字必要。
• 後方一致＝不明。
• 中間一致＝不明。
• 両端一致＝不明。

(6) フレーズ検索、完全一致検索

• フレーズ＝可能。ダブルクォーテーション「"」で囲む。
• 完全一致＝不可。

(7) 正規化

• 全角と半角＝不明。
• 大文字・小文字＝区別しない。
• ひらがな・カタカナ＝不明。
• 漢字の異体字＝不明。

(8) その他

• 簡易検索と詳細検索 (Advanced Search) がある。
• 詳細検索では、項目を指定したり、論理演算を組み立てたりすることが容易。過去の検索履歴を再利用することも可能。
• サーチタグで項目の指定が可能。サーチタグは角カッコ [ ] で囲む。
• 基本的に、全角文字は使用できない。

3. PubMed の検索例

(1) 簡易検索

• トップページの検索欄からの検索。タイトルや著者など、データのどこかに一致すればヒット。
• ここでは、以下の論文を検索してみる。
  Kojima, T et al. Cows painted with zebra-like striping can avoid biting fly attack.
• 検索キーは「kojima cows painted zebra-like striping」としてみる。

• ここでは2件ヒット。
• 入力したキーワードと一致した文字列は、太字で強調表示されている。

• タイトルをクリックすると、論文の詳細画面が表示される。

(2) Advanced Search による検索

• 簡易検索の入力欄の下にある「Advanced」をクリックすると、Advanced Search 画面に移動する。

• 画面上部に「キーワードの種類」を選択する項目と、キーワードの入力欄がある。
• ここに何かを入力し、入力欄の右の「ADD」をクリックすると、その下の「Query box」欄に、自動的に検索式が入力される。
• ここで、「キーワードの種類」に「Author」を選択し、キーワード入力欄に「kojima t」と入力してみると、以下のようになる。

• その後、入力欄の右の「ADD」をクリックすると、「Query box」欄は以下のように表示される。

• 「Query box」欄に表示された「 [Author] 」はサーチタグと呼ばれるもので、ここでは、このキーワードの種類が著者であることを示している。
• 入力欄のキーワードが「Query box」欄に表示されると、上部の入力欄は自動的に空欄になる。
• 「Query box」欄に何かが表示されているときに、さらに検索キーを追加したい場合は、上部の入力欄にキーワードを入力すればよい。
• このとき、入力欄の右のボタンの「ADD」は、表示が変わり、以下のように「AND, OR, NOT」の3種類を選択することができるようになる。

• ここで、検索キーを追加するために、キーワードの種類を「Title」とし、入力欄に「cows painted」と入力してみる。
• その後、入力欄の右のボタンを「AND」としてクリックすると、「Query box」欄は以下のように表示される。

• 上記の画面は、著者「kojima t」と、タイトル「cows painted」の AND 検索を意味している。
• この状態で「Query box」欄の右の「Search」をクリックすると、検索が実行される。
• この場合は、2件ヒット。

4. フルテキストの入手

• フルテキストが提供されている場合は、詳細表示画面の右側にリンクが表示される。
• この例ではリンクが2種類あり、どちらもフリーで公開されている。
• 文献によっては、有料の場合もあるので注意。

5. 引用データの入手

• 引用データの入手には、詳細表示画面の右側の「Cite」を使用する。

• クリックすると、以下のような画面が表示される。

• 以下のような引用形式を選択することができ、画面右下の「Format:」で指定する。
  • AMA
  • APA
  • MLA
  • NLM

• 画面左下の「Copy」をクリックすると、表示データがコピーされるので、メモ帳やWordなどに貼り付けることができる。

• 以下は、それぞれの引用形式の表示例。

  出典 > https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31581218/

  1. AMA

     Kojima T, Oishi K, Matsubara Y, et al. Cows painted with zebra-like striping can avoid biting fly attack [published correction appears in PLoS One. 2020 Mar 26;15(3):e0231183]. PLoS One. 2019;14(10):e0223447. Published 2019 Oct 3. doi:10.1371/journal.pone.0223447

  2. APA

     Kojima, T., Oishi, K., Matsubara, Y., Uchiyama, Y., Fukushima, Y., Aoki, N., Sato, S., Masuda, T., Ueda, J., Hirooka, H., & Kino, K. (2019). Cows painted with zebra-like striping can avoid biting fly attack. PloS one, 14(10), e0223447. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0223447

  3. MLA

     Kojima, Tomoki et al. “Cows painted with zebra-like striping can avoid biting fly attack.” PloS one vol. 14,10 e0223447. 3 Oct. 2019, doi:10.1371/journal.pone.0223447

  4. NLM

     Kojima T, Oishi K, Matsubara Y, Uchiyama Y, Fukushima Y, Aoki N, Sato S, Masuda T, Ueda J, Hirooka H, Kino K. Cows painted with zebra-like striping can avoid biting fly attack. PLoS One. 2019 Oct 3;14(10):e0223447. doi: 10.1371/journal.pone.0223447. Erratum in: PLoS One. 2020 Mar 26;15(3):e0231183. PMID: 31581218; PMCID: PMC6776349.